Αν εννοείς ότι υπάρχει ένας μικρός αποσυγχρονισμός στον ήχο και αυτό συμβαίνει σε όλη την ταινία ή σε ένα κομμάτι της (αυτό συμβαίνει συνήθως - οι λεγόμενες NUKED versions) 2 πράγματα μπορείς να κάνεις:
1) Να ψάξεις να βρεις αν υπάρχει στο ίντερνετ κάποιοο Fix για τον ήχο για το συγκεκριμένο mkv, το οποίο συνήθως είναι ένα πολύ μικρό αρχείο μερικων KB και συνήθως έχει το όνομα του αρχείο και η κατάληξη είναι [Audiofix] ή κάτι τέτοιο. To αρχείο αυτό περιέχει συνήθως το mkvtoolnix (πολύ χρήσιμο εργαλείο - ψάξε το forum και θα καταλάβεις) καθώς και κάποια αρχεία ακόμα μαζί με τις οδηγίες χρήσης. Όταν εκτελέσεις τις οδηγίες αυτόματα θα αρχίσει η διαδικασία επανασυγχρονισμού πολύ εύκολα και σε λίγα λεπτά θα είναι έτοιμο.
2) Αν δε βρεις το αντίστοιχο αρχείο και χρησιμοποιείς κάποιον decoder όπως DScaler ή AC3Filter, θα βρεις ότι έχουν ρύθμιση για συγχρονισμό του ήχου μέχρι +/- 500ms (= 0.5s), οπότε και το ρυθμίζεις χειροκίνητα τη στιγμή που παρουσιάζεται το πρόβλημα, δοκιμάζοντας την κατάλη τιμή...
Υ.Γ. Φυσικά, αν βρείς το Audiofix χρησιμοποιήσέ το καλύτερα από το να κάθεσαι και να το κάνεις κάθε φορά χειροκίνητα.