αν εννοεις οι υποτιτλοι να ειναι μερος του video, τοτε δε γινεται τιποτα, (με το ιδανικο αποτελεσμα anyway, με αλχημειες μπορει απλα να βελτιωσεις την κατασταση), γιατι εχει χαθει η πληροφορια που υπηρχε κατω απο τα pixels που πιανουν οι υποτιτλοι.
Αν εννοεις υποτιτλους που υπαρχουν ενσωματομενοι σε ενα MKV και μπορεις να τους ενεργοποιεις/απενεργοποιεις κατα βουληση, αυτοι φυσικα μπορουν να αφαιρεθουν (και να προστεθουν αλλοι αν θες) απλα χρειαζεται ενα demux του mkv στα αρχικα του streams και μετα παιρνεις τα video και audio streams και φτιαχνεις ενα νεο MKV χωρις τους υποτιτλους.