Αν τα boot files είναι σε άλλο partition, τότε ναι, σβήστο και δεν υπάρχει πρόβλημα.
Αν τα boot files όμως είναι σε αυτό το partition τότε θα έχεις πρόβλημα, οπότε σβήσε με το χέρι ότι δεν χρειάζεσαι (μαζί με το λειτουργικό).
Αν δεν ξέρεις που είναι τα boot files, μια απλή λύση είναι να αποσυνδέσεις από το ρεύμα τον συγκεκριμένο δίσκο και να ξεκινήσεις τον υπολογιστή.
Αν ξεκινήσει, είναι αλλού τα αρχεία οπότε τον σβήνεις κανονικά.
Επίσης μπορείς να δοκιμάσεις να κάνεις format στο partition αυτό μέσα από τα windows. Αν είναι τα αρχεία εκεί, τότε θα σου πει ότι δεν μπορεί να τον κάνει.